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Bernard Bigot est directeur général de la recherche et de la technologie de 1996 à 1997 au ministère de l'Éducation nationale, de l'Enseignement supérieur et de la Recherche, directeur adjoint chargé de la recherche (1998-2000), puis directeur (2000-2003) de l'École normale supérieure de Lyon, directeur de l'Institut de recherches sur la catalyse (UPR 5401) (1998-2002). Il poursuit sa carrière comme directeur du cabinet de Claudie Haigneré, ministre déléguée à la Recherche et aux Nouvelles technologies, et directeur adjoint du cabinet de Luc Ferry, ministre de la Jeunesse, de l'Éducation nationale et de la Recherche (2002-2003).

En juillet 2003, il est nommé haut-commissaire à l'Énergie atomique, poste qu'il conserve jusqu'en mai 2009. Il est nommé en janvier 2009 administrateur général du commissariat à l'Énergie atomique, en remplacement d'Alain Bugat. Par décret du 20 février 2009, il est en outre nommé au conseil d'administration d'Areva NC.

En 2011, il est reconduit en tant qu'administrateur général du CEA pour une durée de 3 ans à compter du 9 janvier 2012, et entre au club d'influence Le Siècle2.

Il est nommé en outre président du conseil d'administration de l'École supérieure chimie physique électronique de Lyon au début 20113.

Il est depuis juillet 2013 président du conseil d'administration de l'École nationale supérieure d'électricité et de mécanique de Nancy.

En novembre 2014, il est nommé pour succéder à Osamu Motojima en tant que directeur général du projet international de recherche ITER. Il est élu directeur général le 5 mars 2015.